Thunderbolt ist ja eher sowas wie eine mini Dockinstation. Was auch immer du da anschließen willst, benötigt dann einen speziellen Adapter. Ich glaube aber es gibt zur Zeit noch keine USB 3.0 Adapter. Booten soll man wohl von einem Datenträger über Thunderbolt können, auch wenn es laut Apple wohl nicht offiziel ist.
Die nächsten Intel Chipsätze für Ivy-Bridge werden aber von Haus aus USB 3.0 haben. Da braucht es dann auch keine Adapter (für teures Geld) es sei denn Apple führt sie nicht aus um ihre eigene Lösung durchzudrücken.