Ansich JA.
Wenn du zwei oder mehr Partitionen hast, ist es eigentlich kein Problem.
Wenn du deine Windows Partition verkleinern möchtest (mußt), dann solltest du diese auf jedenfall vorher defragmentieren.
SuSE kann deine Festplatte Partitionieren und auch gegebenenfalls ein vorhandenes Dateisystem verkleinern. Wenn du Windows auf einer FAT32 hast, ist das kein Problem, wenn du ntfs verwendest, rate ich dazu vorher ein Backup von deinem Windows zu machen. In der Regel funktioniert es zwar auch ohne Probleme, allerdings ist der NTFS-schreib Support unter Linux immer noch als experimental eingestuft.